L'epoca napoleonica e le lotte risorgimentali
Nel 1797 la Repubblica di Venezia cadde senza opporsi di fronte alle armate di Napoleone Bonaparte. Il passaggio dal dominio della Serenissima a quello francese fu praticamente indolore, e gli unici episodi di ribellione in Friuli avvennero il 16 aprile 1797 a Castions delle Mura (dove alcuni soldati furono privati delle armi, percossi e imprigionati per qualche tempo) e, pochi giorni dopo, a Bagnaria.
L'accaduto non passò inosservato alle autorità francesi e allo stesso Napoleone, tanto che il generale Guillaume, di stanza a Palmanova, fu sul punto di dare alle fiamme il villaggio di Castions. Solo l'intervento del Luogotenente veneziano del Friuli, Alvise Mocenigo, riuscì a farlo desistere dal proposito: furono allora arrestati quattro presunti colpevoli della ribellione.
Dopo la firma del "Trattato di Campoformio", avvenuta a Villa Manin, dal gennaio 1798 le armate asburgiche presero possesso di tutto il Friuli, fino al novembre del 1805, quando vi ritornarono le truppe francesi.
Il Friuli fu allora unito al Regno d'Italia di Napoleone I fino al 1814: in questo periodo due guerre vennero combattute sul suo territorio, nel 1809 e nel 1813-14, e in entrambe la fortezza di Palmanova fu assediata, con gli assedianti accampati nei paesi circostanti.
Alle privazioni delle guerre seguirono carestie ed epidemie che rallentarono lo sviluppo economico della regione, assegnata dal Congresso di Vienna all'Impero asburgico.
Nel marzo del 1848 l'intero Friuli insorse contro le autorità imperiali, e conobbe una breve primavera di indipendenza, nella quale si formò un Governo Provvisorio che affidò il comando della fortezza di Palmanova al generale Carlo Zucchi, anziano ufficiale italiano dell'esercito napoleonico. Il 27 marzo avvenne un primo scontro a Visco, che vide patrioti italiani contro soldati e sudditi asburgici, e in seguito fu ordinata la mobilitazione delle Guardie Civiche di tutto il Friuli, che si concentrarono nei paesi intorno a Palmanova.
Il 16 aprile gli eventi precipitarono. Gli austriaci avanzarono su Palmanova, e il giorno seguente incendiarono Visco e Jalmicco. Anche Bagnaria fu invasa dai soldati croati, i quali, trovata una bandiera tricolore, saccheggiarono e dettero alle fiamme le case dell'intero paese, senza che vi fossero però vittime tra la popolazione.
Anche le case di Privano subirono la stessa sorte, mentre a Sevegliano la moglie del maresciallo austriaco Müor, che abitava nel paese, riuscì a intercedere per gli abitanti, e le loro case vennero risparmiate.
Dopo l'annessione al Regno d'Italia nel 1866, fu deciso di ricordare gli avvenimenti del 1848, aggiungendo l'aggettivo "Arsa" al nome del capoluogo comunale: con il Regio Decreto dell'11 agosto 1867 il Comune fu così denominato Bagnaria Arsa.